税金面からすると、債務はなるべくM&A対象にしてしまったほうが節税になります。それ以上に、債務を新会社に移すのは手続きがかなり大変ですので、実務的にも新会社に移さないほうが賢明と言えます。

ただし、経営者やその親戚が債権者だったり、借入の経緯がよくわからない債務の場合、買い手はそのような債務の引継を嫌がることがあります。たかが税金のためにM&A自体が破談になっては意味がないので、そのような場合は素直に引き取りましょう。