所得税が発生するスキーム（単純な株式売買、ヨコの会社分割）では、譲渡した株式の原価（取得費）として、「実際の原価（簿価）」と「譲渡収入の5%」のうち有利な方を選択できます。

この有利選択を見落として、「実際の原価が明確な場合は実際の原価で申告しなければならない」と思い込んでいる税理士さんが異様に多いです。M&Aでは5%を選ばなければ大損するケースが大半なので、本当に注意してください（一度申告期限を迎えると還付請求できません）。

その他、会社分割では申告すれば不動産取得税が非課税になるケースがあることや、事業譲渡ではなく会社分割を選択すれば消費税が発生しないことなど、M&A・組織再編関連では多くの税理士さんが見落としている重大論点が結構あります。いつもの顧問税理士ではなく（またはそのセカンドオピニオンとして）、ぜひその分野のプロを起用なさってください。失敗すると本当に取り返しがつきません。